El halcón peregrino se convirtió en una especie en peligro de extinción debido al uso de pesticidas, sobre todo DDT, durante los años 1950, los años 1960 y los años 1970.⁵⁶ La biomagnificación del pesticida causó el aumento de los organoclorados en los tejidos internos de los halcones, reduciendo la cantidad de calcio presente en la cáscara de sus huevos. Con cáscaras más delgadas, menos huevos sobrevivían a la incubación.^50 57 Como consecuencia de ello esta especie llegó a extinguirse en varias lugares del mundo, como en el este de los Estados Unidos y Bélgica.⁷ Los huevos y las crías son a menudo objetivo de comerciantes del mercado negro y coleccionistas de huevos poco escrupulosos,^{nota 4} por lo que las asociaciones en defensa de la naturaleza recomiendan no hacer público las posiciones de lugares de anidada sin protección.⁵⁸

El halcón peregrino se usa en la cetrería desde hace más de 3.000 años, cuando iniciaron su utilización los nómadas en Asia Central.⁵³Por su capacidad de lanzarse en picado a altas velocidades, era muy solicitado y usado a menudo por halconeros con experiencia.¹²Durante la Segunda Guerra Mundial fueron utilizados para interceptar a palomas mensajeras.⁵⁹ Se utilizan también en algunas ocasiones para espantar aves en aeropuertos y así reducir el riesgo de impactos de éstas contra los aviones, mejorando la seguridad del tráfico aéreo.⁶⁰ También se le utiliza en la actualidad como un sistema alternativo de control biológico en la agricultura, erradicando o disminuyendo el número de otras especies de aves que dañan los cultivos.